台東史前館2樓自然史廳介紹臺灣島的自然環境，依時間順序的動線，分別以「誕生」、「冰期」、「新世代」三區展示室介紹臺灣自然史的脈絡，內容以「地質－生物－人類」的過渡漸進，逐漸轉入人與自然的互動。
「誕生」訴說臺灣這座島嶼出生的故事。以全球板塊運動與蓬萊運動兩個主題說明。
「冰期」展現地質史上臺灣島成形後恰好遇到冰期，這個現象成為生物遷臺的契機，以櫻花鉤吻鮭、臺灣山毛櫸這兩種公告的保育類稀有生物，做為冰期孑遺生物的範例。
「新世代」最吸睛的是陳ㄧ銘先生的一幅畫， 同時將畫製作成大動畫展示，凸顯多樣的自然生態特性。
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| 台灣大型水鹿 |
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| 櫻花鉤吻鮭 |
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