全球唯一擁有人臉的史前陶罐

距今1800到500年的十三行遺址中，人面陶罐是最完整的出土文物，也是全球唯一擁有人臉的史前陶罐，2006年依據文化資產保存法指定為國家重要古物，也是十三行博物館的鎮館之寶，置放在獨立恆溫恆濕的陳列櫃。人面陶罐的圖騰出現在污水處理槽、門口標幟等。

博物館建築藉由三組不同型態的建築群，分別為山與海、過去與現在的意象，以清水混凝土、砂岩及老化的金屬板等，構築而成。全館凹立於地下一點五米，觀眾入館前，經歷一段向上後再緩緩往下斜伸的坡道，象徵走入考古學家發掘的地下寶庫。